Prof. dr hab. n. med. Antoni Dziatkowiak jest twórcą Kliniki Chirurgii Serca, Naczyń i Transplantologii Akademii Medycznej im. Mikołaja Kopernika, a od 1995 r. Collegium Medicum Uniwerystetu Jagiellońskiego w Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. Jana Pawła II. 2 czerwca 1979 roku objął z nominacji ówczesnego rektora Akademii Medycznej prof. dr hab. med. Tadeusza Popieli stanowisko - kierownika Kliniki i dyrektora Instytutu Kardiologii zlokalizowanego w większości w Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. Dr Anki, a od 1990 roku im. Jana Pawła II.