Rada Naukowa Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. św. Jana Pawła II  jest stałym zespołem opiniodawczym i doradczym Dyrektora Szpitala w zakresie działalności naukowej oraz badawczo-rozwojowej i edukacyjnej Szpitala.

W skład Rady wchodzą wszyscy samodzielni pracownicy naukowi zatrudnieni w Szpitalu na podstawie umowy o pracę lub w ramach stosunku cywilnoprawnego oraz w przypadku oddziałów, w których nie ma zatrudnionych samodzielnych pracowników naukowych – Ordynatorzy oddziałów. Rozwiązanie stosunku prawnego będącego podstawą zatrudnienia w  Szpitalu skutkuje wygaśnięciem mandatu członka Rady.

Do zakresu działania Rady Naukowej należy w szczególności:

• Inicjowanie i ocena stanu działalności naukowej i badawczo-rozwojowej oraz dydaktycznej prowadzonej w Szpitalu,
• Inicjowanie i ocena współpracy z krajowymi i zagranicznymi instytucjami w zakresie planowanych i realizowanych programów naukowych oraz badawczo-rozwojowych,
• Współpraca z krajowymi i zagranicznymi instytucjami w zakresie działalności naukowej oraz badawczo-rozwojowej,
• Współpraca z innymi organami, jednostkami organizacyjnymi Szpitala, stanowiskami oraz Komisjami i Zespołami działającymi w Szpitalu,
• Sugerowanie kierunków rozwoju Szpitala i współpraca z wyższymi uczelniami w tym szczególnie UJ CM w zakresie edukacji przed i podyplomowej.

Skład Rady Naukowej:

1. Prof. dr hab. n. med. Janusz Andres
2. Dr n. med. Marek Andres
3. Dr hab. n. med. Krzysztof Bartuś
4. Dr hab. n. med. Krzysztof Bryniarski
5. Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Bulanda
6. Lek. med. Grzegorz Czyżewicz
7. Prof. dr hab. n. med. Rafał Drwiła
8. Dr hab. n. med. Grzegorz Filip
9. Prof. dr hab. n. med. Andrzej Gackowski
10. Prof. dr hab. n. med. Grzegorz Gajos
11. Prof. UJ dr hab. n. med. Bartłomiej Guzik
12. Prof. dr hab. n. med. Mateusz Hołda
13. Prof. dr hab. n. med. Anna Kabłak-Ziembicka
14. Prof. dr hab. n. med. Bogusław Kapelak
15. Prof. UJ dr hab. n. med. Tomasz Kleczyński
16. Prof. UJ dr hab n. med. Monika Komar
17. Prof. dr hab n. med. Ewa Konduracka
18. Dr hab. n. med. Małgorzata Konieczyńska
19. Dr hab. n. med. Janusz Konstanty-Kalandyk
20. Prof. KAAFMM dr hab. n. med. Piotr Kopiński
21. Prof. dr hab. n. med. Grzegorz Kopeć
22. Dr hab. n. med. Olga Kruszelnicka-Kwiatkowska
23. Prof. dr hab. n. med. Magdalena Kostkiewicz
24. Prof. dr hab. n. med. Jarosław Kużdżał
25. Prof.  dr hab. med. Jacek Legutko
26. Prof. dr hab. med. Jacek Lelakowski
27. Dr hab. n. med. Paweł Matusik
28. Dr n. med. Agnieszka Mawlichanów
29. Lek. med. Michał Michalski
30. Prof. KAAFM dr hab. Irena Milaniak
31. Prof. AWF dr hab. n.o.k.f. Elżbieta Mirek
32. Prof. UJ dr hab. n. med. Piotr Musiałek
33. Dr n. med. Robert Musiał
34. Prof. UJ dr hab. n. med. Joanna Natorska
35. Prof. dr hab. n. med. Jadwiga Nessler
36. Dr n. med. Mirosław Nęcki
37. Prof. dr hab. n.med. Piotr Odrowąż-Pieniążek
38. Prof. dr hab. n.med. Maria Olszowska
39. Dr hab. n. med. Jacek Piątek
40. Lek. med. Małgorzata Piątkowska-Śmietańska
41. Prof. KAAFM dr hab. n. med. Dariusz Plicner
42. Prof. UJ dr hab. n. med. Wojciech Płazak
43. Prof. dr hab. n. med. Piotr Podolec
44. Prof. UJ dr hab. n. med. Jakub Podolec
45. Dr n. med. Anna Prokop-Staszecka
46. Prof. dr hab. n. med. Tadeusz Przewłocki
47. Prof. UJ dr hab. n. med. Paweł Rubiś
48. Dr n. med. Lucyna Rudnicka-Sosin
49. Dr hab. n. med. Stanisław Rumian
50. Dr n. med. Anna Rzucidło-Hymczak
51. Dr hab. n. med. Dorota Sobczyk
52. Dr hab. n. med. Jarosław Stoliński
53. Lek. med. Joanna Szachowicz-Jaworska
54. Prof. dr hab. n. med. Artur Szlubowski
55. Prof. dr hab. n. med. Lidia Tomkiewicz – Pająk
56. Dr hab. n. med. Mariusz Trystuła
57. Prof. dr hab. n. med. Anetta Undas
58. Prof. UJ dr hab. n. med. Karol Wierzbicki
59. Dr hab. n. med. Janusz Włodarczyk
60. Prof. KAAFM dr hab. n. med. Ewa Wypasek
61. Dr Ziemowit Wroński
62. Prof . UJ dr hab. n. med. Jarosław Zalewski
63. Dr hab. n. med. Michał Ząbczyk
64. Dr hab. n. med. Andrzej Ząbek
65. Dr n. med. Mirosław Ziętkiewicz
66. Prof. dr hab. n. med. Krzysztof Żmudka