W Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. św.  Jana Pawła II zrealizowano oraz realizuje się 76 projektów, a łączna kwota otrzymanego dofinansowania tych projektów przekroczyła już 300 milionów złotych (dane na grudzień 2022 r.). Projekty realizowane w Szpitalu mają charakter zarówno projektów prowadzonych na szczeblu krajowym, jak i międzynarodowym. Wiele z poniżej wymienionych projektów wdrażanych było lub jest w ramach partnerstwa krajowego i międzynarodowego z jednostkami naukowymi oraz przedsiębiorcami. Szpital posiada bogate doświadczenie zarówno w prowadzeniu, jak i we współuczestniczeniu w realizacji projektów o charakterze ponadnarodowym przy zaangażowaniu personelu pochodzącego z różnych państw członkowskich Unii Europejskiej.

Krakowski Szpital Specjalistyczny im. św.  Jana Pawła II może pełnić różne funkcje w stosunku do podejmowanych badań i projektów:

• Wnioskodawca – występuje z oficjalnym wnioskiem o realizację projektu do odpowiedniej instytucji lub podmiotu i realizuje go samodzielnie wykorzystujące dostępne zasoby,
• Samodzielny Lider Projektu – odpowiedzialny za planowanie, osiągnięcie założonych celów projektu, jego obsługę i zamknięcie,
• Interesariusz – uczestniczy w tworzeniu projektu, bierze czynny udział w jego realizacji, bezpośrednio zainteresowany wynikami jego wdrożenia,
• Podwykonawca – realizuje badania i usługi dla zewnętrznych beneficjentów projektów,
• Odbiorca projektu – korzystający z produktów innych projektów np. szkoleń dla kadry Szpitala, sprzętu diagnostycznego, aplikacji internetowych, mając na celu podniesienie statusu szpitala oraz poziomu świadczonych usług.

Aktualnie Dział Badań nadzoruje następującą liczbę przedsięwzięć:

• 18 projektów finansowanych i dofinansowanych ze źródeł zewnętrznych,
• 48 badań statutowych UJ CM,
• 51 projektów własnych i we współpracy krajowej i międzynarodowej,
• 72 badania kliniczne komercyjne.