Krakowski Szpital Specjalistyczny im. św. Jana Pawła II jest jednostką naukową, na podstawie ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki (Dz.U. z 2010 r., Nr 96, poz. 615). Jednym z podstawowych celów określonych w statucie Szpitala jest samodzielne prowadzenie badań podstawowych, badań przemysłowych lub eksperymentalnych prac rozwojowych lub rozpowszechnianie na szeroką skalę wyników takich działań poprzez nauczanie, publikację lub transfer wiedzy. Przejawia się to we wszystkich formach prowadzonych przedsięwzięć badawczych. Szczególną uwagę należy poświęcić aktywności naukowej, która przejawia się jako realizacja badań własnych, finansowanych ze środków Szpitala. Każdy z pracowników instytucji ma możliwość zgłoszenia pomysłu na projekt, który jest finansowany w zależności od dostępnych środków. Badania własne to najczęściej:

• badania ankietowe,
• pilotażowe działania,
• follow-up’y.