W Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. św. Jana Pawła II prowadzone są liczne badania naukowe w ramach współpracy z Uniwersytetem Jagiellońskim Collegium Medicum. Badania te są finansowane w ramach tzw. badań statutowych uczelni, a także w ramach projektów badawczych finansowanych przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Narodowe Centrum Nauki. Szpital użycza naukowcom sprzętu oraz wykwalifikowanej kadry medycznej, a także umożliwia dostęp do pacjentów. Pracownicy oddziałów dzięki prowadzonym specjalistycznym badaniom stale podwyższają swoje kwalifikacje oraz zdobywają tytuły naukowe. Kliniki, których pracownicy realizują projekty badawcze w Szpitalu to:

• Oddział Kliniczny Chirurgii Serca, Naczyń i Transplantologii,
• Oddział Kliniczny Chorób Serca i Naczyń,
• Oddział Anestezjologii i Intensywnej Terapii,
• Oddział Kliniczny Choroby Wieńcowej,
• Oddział Kliniczny Elektrokardiologii,
• Centrum Interwencyjnego Leczenia Chorób Serca i Naczyń.

Projekty mają wpływ również na wzrost jakości świadczonych usług medycznych w Szpitalu i weryfikują innowacyjne metody leczenia pacjentów. Badania statutowe są eksperymentami badawczymi i mają na celu przede wszystkim rozszerzenie wiedzy medycznej. Współpraca z Uniwersytetem Jagiellońskim pozwala na stałą edukację personelu Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. św. Jana Pawła II.