Najważniejsze nagrody i wyróżnienia:

• Szpital został laureatem IX edycji akcji  "Miejsce przyjazne Seniorom" (2019)
• Szpital został laureatem I edycji plebiscytu "Miejsce przyjazne Rodzinom z Dziećmi" w kategorii Zdrowie (2019)
• Wyróżnienie w konkursie na najlepszy szpital kardiochirurgiczny w rankingu tygodnika „Wprost”. Pod uwagę brano m. in. zakres diagnostyki dostępnej w szpitalu, liczbę wykonywanych procedur leczniczych, współczynnik zakażeń pooperacyjnych i in. kryteria. W rankingu Szpitalowi przyznano następujące miejsca w odniesieniu do realizowanych procedur:  1. Miejsce w kategorii „Operacje aorty”, 3 miejsce w kategorii „Operacje wieńcowe” i 4. miejsce w kategorii „Procedury zastawkowe”.
  W dniu 14 listopada 2017 r.  na specjalnej gali, dyplom odebrała Pani dr hab. med. Dorota Sobczyk – Zastępca Dyrektora ds. Lecznictwa.
  
  
• Nagrodę Prezesa Rady Ministrów w kategorii: Osiągnięcia naukowo-techniczne za nowatorską metodę ratowania skrajnie wychłodzonych pacjentów otrzymał zespół lekarzy, w tym specjalistów z naszego Szpitala. Uroczystość odbyła się w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów 26 października 2017 r.
  
  
• Rada Nagrody Fundacji JOIAIM nadała dla Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. Jana Pawła II wyróżnienie w ogólnopolskim konkursie pod patronatem honorowym Rzecznika Praw Pacjenta w kategorii: „Zakład Opieki Zdrowotnej Uśmiechniętego Pacjenta 2016”. Uroczystość wręczenia nagrody odbyła się w Barlinku 30 czerwca 2017 r.
  
  
• Szpital zdobył dwie nagrody w konkursie Lider Informatyki - kategoria Ochrona Zdrowia (organizowanym przez Computerworld):
  1. Szpital został finalistą konkursu  „Lider Informatyki” , 2016 rok
  2. Szpital zdobył  nagrodę Lider Informatyki XX w., wręczona podczas finału konkursu „Lider Informatyki”
  Gala odbyła  się 22 września 2016 r. w Warszawie
  
  
• Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Krakowie zaliczył Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II do grona Ekoliderów 2016, przyznając placówce w czerwcu 2016 dyplom uznania.
  
  
• We wrześniu br. szpital został laureatem plebiscytu Gazety Krakowskiej i  otrzymał wyróżnienie w kategorii „Szpital Małopolski 2015 roku”, a Minister Pracy i Polityki Społecznej Władysław Kosiniak-Kamysz przesłał  list gratulacyjny na ręce Pani Dyrektor Anny Prokop-Staszeckiej.

• Dyrektor Anna Prokop-Staszecka została wybrana  Krakowianką Roku 2014. Główną zasługa, za którą przyznano to prestiżowe wyróżnienie było wprowadzenie Szpitala w XXI wiek poprzez  zakończenie dwóch trudnych projektów inwestycyjnych, dofinansowanych ze środków UE
  
  
• 23 grudnia 2014 r. Szpital ponownie otrzymał Certyfikat Zaufania Pacjentów: LAUR PACJENTA jako placówka medyczna ciesząca się największym zaufaniem.
  
  
• 8 grudnia 2014 Szpital otrzymał prestiżowy certyfikat „Miejsce Przyjazne Seniorom”. Organizatorami i realizatorami Akcji „Miejsce przyjazne seniorom” są Województwo Małopolskie oraz Gmina Miejska Kraków. Głównym celem akcji jest promowanie takich miejsc,  w których osoby starsze czują się miło i swobodnie, są godnie traktowane i obsługiwane. Decyzję o przyznaniu certyfikatu podejmuje Kapituła decyzyjna, którą tworzą Marszałek Województwa Małopolskiego i Prezydent Miasta Krakowa.
  
  
• Prestiżowa nagroda bł. Gerarda dla zespołu Centrum Leczenia Hipotermii Głębokiej Oddziału Anestezjologii i Intensywnej Terapii naszego Szpitala. Nagroda w kategorii: Osoby i instytucje wspierające system Państwowe Ratownictwo Medyczne została wręczona Zespołowi naszego Szpitala przez Ministerstwo Zdrowia w dniu 13.10.2014r.
  
  
• 7 października 2014 r. Pani dr med. Anna Prokop-Staszecka, Dyrektor naszego Szpitala otrzymała prestiżowe wyróżnienie za aktywny udział w kreowaniu polityki zdrowotnej w Województwie Małopolskim. Nagrodę wręczył Wicemarszałek Województwa Małopolskiego Wojciech Kozak.

• Prestiżowe wyróżnienie otrzymała Pani Dyrektor Szpitala dr med. Anna Prokop-Staszecka, Dyrektor Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. Jana Pawła II, w plebiscycie „Wpływowa Kobieta Małopolski 2014 roku”. Plebiscyt organizowała „Gazeta Krakowska”.

• Wyróżnienia w konkursie „Miłosierny Samarytanin Roku 2013, którego finał odbył się 2 kwietnia br. w Auli Jana Pawła II w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach otrzymali pracownicy naszego szpitala: dr n. med. Robert Kowalski oraz mgr Łukasz Hońdo.

• Wyróżnienie dla Dyrektora Szpitala, dr med.Anny Prokop-Staszeckiej, w plebiscycie Rakiety Biznesu dla najbardziej efektywnych firm w kategorii CZŁOWIEK Z ENERGIĄ. Uroczysta Gala uhonorowania zwycięzców odbyła się 28 listopada 2013 r.

• 25 listopada 2013 r. Szpital otrzymał Certyfikat Zaufania Pacjentów: LAUR PACJENTA jako placówka medyczna ciesząca się największym zaufaniem.
  
  
• I miejsce w Polsce (na 89 pracowni) otrzymała Pracownia Mammografii Cyfrowej Zakładu Radiologii i Diagnostyki Obrazowej w rankingu mammografii wykonywanych aparatem cyfrowym.
  
  
• W listopadzie 2013 Europejskie Towarzystwo Kardiologiczne przyznało tytuł "Pielęgniarka Przyjaciel" p. Irenie Bzukale jako pierwszej Polce.   Wyróżnienie to przyznawane jest za wyjątkowe zasługi w zakresie opieki kardiologicznej.
  
  
• Tytuł  Srebrnego Lidera Ochrony Zdrowia w kategorii „Działalność na rzecz pacjenta”. Nagrodę wręczono 18 kwietnia 2013, podczas Gali Liderów Ochrony Zdrowia, którą po raz 7. zorganizowała Kapituła Ogólnopolskiego Systemu Ochrony Zdrowia

• Zwycięzca XVI Konkursu Computerworld – Lider Informatyki w kategorii „Opieka zdrowotna”, Warszawa 28.09.2012

• Finalista XV Konkursu Computerworld – Lider Informatyki, Warszawa 28.09.2011

• Finalista Ogólnopolskiego Rankingu Szpitali „Bezpieczny Szpital 2011”, prowadzonego przez Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia we współpracy z dziennikiem „Rzeczpospolita”

• Finalista Ogólnopolskiego Rankingu Szpitali „Bezpieczny Szpital 2010”, prowadzonego przez Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia we współpracy z dziennikiem „Rzeczpospolita”

• Ogólnopolski Ranking Szpitali „Bezpieczny Szpital 2009” prowadzony przez Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia we współpracy z dziennikiem „Rzeczpospolita” – Najlepszy Szpital w województwie małopolskim.

• Ogólnopolski Ranking Szpitali „Bezpieczny Szpital 2008” prowadzony przez Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia we współpracy z dziennikiem „Rzeczpospolita” – Najlepszy Szpital w województwie małopolskim.

• Finalista w Ogólnopolskim Rankingu Szpitali w kategorii: szpital publiczny.

• Narodowy Ranking Szpitali organizowany w dniu 19 maja 2008 roku przez Super Express – KSS im. Jana Pawła II uznany za dobry szpital.

• Kapituła Konkursu Forum Jakości Quality International 2008 pod patronatem Ministerstwa Rozwoju Regionalnego, Polskiej Agencji Przedsiębiorczości oraz Klubu Polskie Forum ISO 9000 – tytuł laureata oraz srebrne godło QI – Quality International w kategorii QI – usługi najwyższej jakości.

• Wyróżnienie Urzędu Miasta Krakowa dla najlepszych realizatorów miejskich autorskich programów profilaktycznych w roku 2007.

• Kierownik Apteki Szpitalnej KSS im. Jana Pawła II Pani mgr Janina Pawłowska otrzymała Medal im. prof. Bronisława Koskowskiego za zasługi dla aptekarstwa.

• Wyróżnienie XIII Edycji 2007 Polskiej Nagrody Jakości w kategorii organizacje publiczne – służba zdrowia.

• Wyróżnienie Kapituły i Organizatorów Ogólnopolskiego Konkursu Medycznego PERŁY MEDYCYNY 2007 w kategorii Szpitale Wielospecjalistyczne powyżej 400 łóżek.

• Ranking „Bezpieczny szpital 2007”, organizowany przez dziennik „Rzeczpospolita” – najlepszy w Małopolsce.

• Ranking Ogólnopolski Szpitali – XVII miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Angioplastyka Tętnic Szyjnych - I miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Operacje Aorty – I miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Leczenie Choroby Wieńcowej – I miejsce.

• W Rankingu szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Kardiochirurgia Najlepsze Szpitale – II miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Leczenie Schorzeń Zastawek – II miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Przeszczepy – IV miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Elektrokardiologia – V miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Kardiologia Najlepsze Szpitale – VII miejsce

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Leczenie Ubytków Przegrody – VII miejsce.

• Ranking szpitali 2006 tygodnika „Wprost” w kategorii Kardiologia Inwazyjna – XII miejsce.

• Laureat VIII Edycji 2006 Małopolskiej Nagrody Jakości w kategorii organizacje medyczne.

• Ranking szpitali 2006 Rzeczpospolitej – 1 miejsce w województwie (15 miejsce w rankingu ogólnopolskim)

• Tytuł Lidera Informatyki X-lecia w kategorii organizacje użyteczności publicznej przyznany przez tygodnik menedżerów i informatyków COMPUTERWORLD (2006 r.).