Motto:
Ale nie depczcie przeszłości ołtarzy
Choć macie sami doskonalsze wznieść
Na nich się jeszcze Święty ogień żarzy
I miłość ludzka stoi tam na straży
I wy winniście im cześć.
A.Asnyk
Nasza wieloletnia historia, dzieląca się na kilka najistotniejszych okresów - to droga, którą ta instytucja i przede wszystkim ludzie tu pracujący, albo w inny sposób związani ze szpitalem, musieli pokonać, aby osiągnąć stan współczesny. Na ten obraz, na zakres naszej działalności, na specyfikę jednostki pracowały pokolenia. Ku nim spoglądamy, wspominając dzieje szpitala i im z całego serca dziękujemy za wysiłek, myśli i zaangażowanie.
W tym okresie - pierwotne Miejskie Zakłady Sanitarne wraz z sanatorium Gruźliczym, oddane do użytku w 1917 r. jako instytucja nowoczesna w skali europejskiej, przeszły wiele etapów, aby stać się szpitalem XXI wieku - Krakowskim Szpitalem Specjalistycznym imienia Jana Pawła II.
Pierwsze 30 lat szpitala - to leczenie chorób zakaźnych - przede wszystkim epidemii gruźlicy, błonicy i szkarlatyny, a w latach 40-tych ospy prawdziwej. Warto w tym miejscu wspomnieć heroiczna postawę pracowników szpitala, zarówno w okresie okupacji, gdy pod ochroną zakaźności udało się uratować wiele ludzkich istnień, jak i w czasie epidemii gruźlicy i ospy, kiedy z narażeniem i nieraz poświęceniem własnego życia - opiekowali się chorymi. W tym pierwszym okresie - w latach 1936-38 - leczyła się w szpitalu osoba niezwykła, jak sama o sobie mówiła, "sekretarka Miłosierdzia Bożego"- Siostra Faustyna Kowalska - kanonizowana przez Ojca Świętego Jana Pawła lI w 2000 roku.
W okresie powojennym rozpoczął się nowy etap rozwoju. Dawne Zakłady Sanitarne powoli przeobrażały się w szpital ukierunkowany na zwalczanie nowych epidemii. Zmieniona została też nazwa, najpierw na Miejski Szpital Zakaźny, a następnie, w 1948 r., na Wojewódzki Szpital Specjalistyczny im. dr Anki. Z czasem przydzielono szpitalowi nowe obiekty, poszerzył się w ten sposób dział chorób płuc i gruźlicy. Jednocześnie szpital zajmował się szeroko pojętymi chorobami zakaźnymi. W latach 60-tych pojawił się i zaczął rozwijać trzeci istotny dział - kardiologiczny, a później torakochirurgiczny i kardiochirurgiczny. W 1979 roku, korzystając z osiągnięć Centrum Torakochirurgii, utworzono na bazie szpitala Instytut Kardiologii Akademii Medycznej w Krakowie, którego dynamiczny rozwój był odpowiedzią na pojawienie się nowych epidemii chorób serca i naczyń.